Cấu trúc di truyền của quần thể tự phối có đặc điểm :
Quần thể tự phối (tự thụ phấn ở thực vật và giao phối cận huyết ở động vật) thành phần kiểu gen và tần số alen biến đổi theo hướng
+ Tần số alen không đổi
+ Thành phần kiểu gen theo hướng tăng dần kiểu gen đồng hợp (đồng hợp trôi và đồng hợp lặn), giảm dần kiểu gen dị hợp.
Kiểu gen đồng hợp tăng → quần thể phân hóa thành các dòng thuần có kiểu gen khác nhau